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インボイス制度（適格請求書等保存方式）は2023年10月にスタートし、2026年10月には経過措置の内容が大きく変わります。「2割特例」の終了と、免税事業者からの仕入れに対する控除割合の変更（80%→50%）は、個人事業主の経営判断に直接影響する重要な節目です。
この記事では、2026年に何が変わるかを整理し、今取るべき対応手順を具体的に解説します。
インボイス制度とは
インボイス制度（正式名称：適格請求書等保存方式）は、2023年10月にスタートした消費税の新しい仕組みです。
「適格請求書（インボイス）」とは、売り手が買い手に対して正確な税率・消費税額を伝えるための書類のこと。消費税の申告で「仕入税額控除」を受けるには、この適格請求書の保存が必要になります。
制度の核心となるのは2点です。まず、適格請求書を発行できるのは「適格請求書発行事業者」として税務署に登録した事業者のみ。次に、買い手（課税事業者）が仕入税額控除を受けるには、登録済みの売り手が発行したインボイスが必要です。
この仕組みにより、年間売上1,000万円以下の免税事業者がインボイスを発行できない場合、取引先の課税事業者が仕入税額控除を受けられなくなりました。ネットショップや個人事業主にとっても、登録するかどうかの判断が必要な制度です。
インボイス制度の現状と2026年の変更点
インボイス制度がスタートしてから約3年が経ち、2026年10月には制度上の重要な変更を迎えます。変更点を正確に把握しておくことが、今後の経営判断の土台になります。
2026年10月に変わる2つのポイント
①免税事業者からの仕入れに係る控除割合の縮小
インボイスを発行できない免税事業者から仕入れた場合、買い手側が控除できる消費税の割合が80%から50%へ縮小されます。取引先が課税事業者の場合、負担が増えるため、取引条件の見直しにつながるケースがあります。
②2割特例の終了
インボイス登録をした小規模事業者が利用できた「2割特例」は、2026年9月30日を含む課税期間をもって終了します。2割特例とは、納付税額を売上税額の2割に抑えられる経過措置です。10月以降は本則課税または簡易課税での計算が必要になります。
※個人事業主（暦年課税）の場合は2026年1月1日〜12月31日が課税期間となるため、実質的に2026年12月31日まで適用される
※2026年6月時点の情報です。最新情報は国税庁の公式サイトでご確認ください。
参照元：国税庁「インボイス制度について」（2026年6月時点）
免税事業者のままでいる場合の影響
インボイス未登録の免税事業者の場合、2026年10月以降に取引先（課税事業者）が控除できる消費税が50%に減ります。影響の大きさは、取引先の種類によって異なります。
| 取引先の種類 | 影響の有無 |
|---|---|
| 一般消費者（BtoC） | 影響なし |
| 課税事業者（BtoB） | 控除額減少により価格交渉・取引見直しのリスクあり |
| 免税事業者（BtoB） | 直接的な影響は少ない |
※2026年6月時点の情報です。最新情報は国税庁の公式サイトでご確認ください。
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個人事業主が取るべき3つの選択肢
選択肢①：適格請求書発行事業者に登録する
インボイス登録をすることで、取引先（課税事業者）に正式なインボイスを発行できるようになります。BtoB取引が中心の事業者さまにとっては、取引継続のための重要な判断材料です。
登録すると消費税の申告・納付義務が生じる点を踏まえ、税務処理の増加も考慮した上で判断しましょう。
選択肢②：免税事業者のまま継続する
BtoC（一般消費者向け）取引が中心で、取引先からインボイス発行を求められていない場合は、免税事業者のまま継続する選択もあります。ネットショップでハンドメイドや物販をおこなっている事業者さまで、購入者が一般消費者であれば、直接的な影響を受けにくい傾向があります。
2026年10月以降も変化が取引に影響しないかを定期的に確認することが大切です。
選択肢③：簡易課税制度を活用する
インボイス登録を選択した場合、消費税の計算方法として「簡易課税制度」を選べます。実際の仕入れの消費税を計算する代わりに、業種ごとに定められた「みなし仕入率」を使って簡便に計算できる仕組みです。
2割特例が終了する2026年10月以降、簡易課税への切り替えを検討する事業者さまが増えるとみられます。簡易課税の選択には原則として適用したい課税期間の開始前に届出が必要です。2割特例から切り替える場合は特例により確定申告期限までの届出が認められています。
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適格請求書発行事業者の登録手順
インボイス登録を選択した場合は、以下の3ステップで申請をおこないます。
ステップ1：登録申請書を提出する
国税庁の「e-Tax（電子申告）」または書面で「適格請求書発行事業者の登録申請書」を提出します。e-Taxを利用すると書面より審査期間が短い傾向があります。
申請から登録番号の通知までに数週間〜数か月かかる場合があるため、余裕を持って申請しておきましょう。
ステップ2：登録番号を受け取り、請求書フォーマットを更新する
登録が完了すると「T」から始まる13桁の登録番号が付与されます。この番号を請求書・見積書・領収書に記載することで、適格請求書（インボイス）として認められます。既存の書類テンプレートへの追加記載が必要なため、早めに更新しておくとスムーズです。
ステップ3：消費税の申告・納付の準備を整える
登録事業者となった後は、課税期間ごとに消費税の申告・納付が必要になります。2割特例期間中は簡便な計算で対応できますが、2026年10月以降は本則課税または簡易課税での処理が求められます。税理士や会計ソフトを活用して、正確な申告の準備を整えておきましょう。
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ネットショップ運営者が特に確認すべき点
販売先が一般消費者（BtoC）の場合
ハンドメイド販売・個人向け物販など、購入者が一般消費者である場合は、インボイスの発行を求められるケースはほぼありません。免税事業者のまま継続しても取引上の問題が生じにくい環境といえます。
ただし、事業規模が拡大し課税売上高が1,000万円に近づいた場合は、将来を見越して早めに検討することが重要です。
販売先に課税事業者が含まれる（BtoB）場合
法人や課税事業者に対してサービス・商品を販売している場合は、インボイス登録の検討が必要になります。取引先からインボイスの提供を求められることがあるため、現在の取引関係を確認した上で判断しましょう。
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STORES ネットショップ で販売の仕組みをシンプルに整える
インボイス対応を検討しながら、ネットショップの開設・運営をかんたんに始めたい方には STORES ネットショップ が選択肢のひとつです。
月額0円のフリープランから利用でき、商品登録から決済・発送管理まで一元管理できます。BtoC向けの物販・デジタルコンテンツ販売が中心であれば、インボイス対応の影響を受けにくい形態でスタートできます。税務・会計は税理士や会計ソフトと連携しつつ、販売の仕組みは STORES ネットショップ でシンプルに整えるという組み合わせが、個人事業主の方にとって現実的な進め方のひとつです。
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まとめ
インボイス制度の2026年最新情報と個人事業主の対応手順を解説しました。
この記事のポイントをまとめます。
- 2026年10月から、免税事業者からの仕入れに係る控除割合が80%→50%に縮小
- 2026年9月30日を含む課税期間をもって「2割特例」が終了
- 個人事業主の選択肢は「インボイス登録」「免税事業者継続」「簡易課税の活用」の3つ
- BtoC中心のネットショップ事業者は、インボイス対応の影響を受けにくいケースが多い
- 判断に迷う場合は税理士や国税庁の公式サイトで最新情報を確認する
インボイス制度は税務手続きに直接影響するため、自身の取引形態と課税売上の規模を確認した上で対応を進めることをおすすめします。
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